В 1991 году СССР распался. Бывшие республики стали независимыми государствами. Умер основатель школы Киокушинкай Масутацу Ояма. Директором Международной Организации стал, по завещанию Оямы, Шокей Мацуи (6-й дан) — чемпион мира 1987 года и 2-х-кратный чемпион Японии. Но в связи с «неоднозначностью» этого завещания в международном сообществе Киокушина возникли многочисленные разногласия, основой которых явилось не только желание сохранить «дух Киокушина» в первозданном состоянии, но, прежде всего, оказаться у финансового олимпа, годовой оборот которого составляет десятки миллионов долларов. Это побудило к образованию нескольких международных организаций Киокушин в мире под разными названиями при фактическом отсутствии или незначительных вариациях в техническом арсенале стилей и правилах судейства на соревнованиях.
На территории современной России происходил сопутствующий процесс раскола, также породивший несколько организаций. Одна из причин раскола (помимо уже перечисленных) — нежелание японских «наставников» иметь единую, сильную и, следовательно, самодостаточную и трудноуправляемую организацию Киокушин в России.
Тем не менее, не смотря на внутренний раздор, именно 90-е годы — время безудержного роста Киокушина в России. В этот период суммарное количество занимающихся (по всем версиям) в Москве, Санкт-Петербурге, Екатеринбурге уже исчислялось тысячами, а число спортивных клубов — несколькими десятками. В Перми развитие так называемого «русского стиля» осуществлялось непосредственно при поддержке действующего министра природных ресурсов РФ Юрия Петровича Трутнева, в то время мэра, а затем губернатора области. На Дальнем Востоке в 90-х годах Киокушинкай эволюционировал и стал столь всеобъемлющим видом единоборств, что подавляющая часть регионального преступного сообщества (ОПC) пополнялась выходцами из него. Уже в конце 90-х — начале 2000-х годов пришли и первые значительные победы. Наши спортсмены (Александр Пичкунов, Сергей Осипов, Лечи Курбанов, Сергей Плеханов и др.), несмотря на явное противодействие японских судей, начали одерживать убедительные победы, один за другим производя фурор на Абсолютных и Весовых Чемпионатах Мира и Открытых Кубках планеты. Всего десять лет понадобилось России, чтобы вырастить бойцов мирового уровня.